Первое документально зафиксированное вспышка сифилиса, известная как «великая оспа», произвела опустошение в Европе в конце XV века. Эта эпидемия дала повод для возникновения так называемой «колумбовой теории», предполагающей, что болезнь была завезена в Европу моряками, вернувшимися из Америки в 1493 году. Однако многие годы не было убедительных доказательств этой теории, и некоторые исследователи утверждали, что сифилис мог существовать в Европе задолго до этого, просто его не распознавали. Ключ к разгадке заключался в изучении семейства трепонем, к которому относится возбудитель сифилиса — бактерия Treponema pallidum subspecies pallidum. У нее есть «соседи», вызывающие невенерические заболевания, такие как фрамбезия и пинта. Эти недуги оставляют характерные следы на костях, что и искали археологи в ископаемых останках. Главной преградой на пути к пониманию было отсутствие генетических данных. ДНК древних бактерий крайне плохо сохраняется, что делает её выделение сложной задачей. Однако международной команде исследователей удалось извлечь и проанализировать геномы трепонем из костей четырех человек, найденных на территориях современных Мексики, Перу, Аргентины и Чили, возраст которых составляет почти 9000 лет. Это открытие позволило не только найти следы болезни, но и создать ее генетическое древо. Анализ показал, что общий предок всех трепонем появился на американском континенте около 9000 лет назад, в период среднего голоцена. За это время бактерия претерпела множество изменений, расколовшись на различные подвиды. Специфическая форма, вызывающая венерический сифилис, по данным исследования, выделилась относительно недавно, незадолго до возвращения экспедиции Колумба. В результате стало ясно, что коренные народы Америки веками жили с трепонематозами, которые передавались преимущественно невенерическим путем. Европейцы, столкнувшиеся с новой для себя формой инфекции, не имели к ней иммунитета. В условиях, когда они оказались в скученных и антисанитарных условиях, бактерия, возможно, мутировала, адаптировавшись к половому пути передачи. Это способствовало быстрому распространению сифилиса по Европе и другим регионам, что стало следствием колониализма и активной трансатлантической торговли, которая перемещала миллионы людей и инфекции между континентами.