Компания подчеркивает, что использует сквозное шифрование, что делает невозможным для третьих лиц, включая самих разработчиков, доступ к содержимому переписок. WhatsApp также уточнил, что не отслеживает местоположение пользователей и не ведет журналы сообщений, отказываясь передавать какие-либо данные правительствам. Сквозное шифрование обеспечивает защиту информации, позволяя лишь отправителю и получателю читать сообщения, в то время как третьи лица видят лишь набор случайных символов. Тем не менее, эксперт по кибербезопасности Грегори Фалько из Корнеллского университета отметил, что, хотя сообщения защищены шифрованием, метаданные, которые не подлежат шифрованию, могут быть доступны для анализа.